成渝经济区的大力开发推动了其集装箱运输的大发展，同时也引起了人们对低成本经济区集装箱物流运输前景的重视。成都集装箱铁路站是目前亚洲较大的集装箱站，而且一年可以处理 100万TEU；重庆的九龙坡和寸滩集装箱港是目前长江上游堆存面积大、设施好、功能完善、管理规范的集装箱专用码头，年通过能力为10万 TEU，年外贸物资集装箱进出口占重庆口岸的十分之九以上；直通欧洲的集装箱运输专列在成都、重庆试行。从各种方面来看，成渝经济区基本完成了集装箱运输的基本干线系统建设。但是，集装箱运输在成渝经济区的发展与在国外以及我国沿海地区相比，还是有很大不足之处的。

该地区的集装箱运输系统在建立过程中受到了行政壁垒的阻碍。重复的基础设施建设、相同的物流产业功能、交叉重叠的资源结构、大量废置的物流资源、地区性的恶性竞争，这些“内耗”的现象真实存在于行政区划分后的成渝经济区物流规划和实践操作中。

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