在进行化肥的集装箱海运时，需要注意以下问题：

防止箱体渗水：由于化肥可能会散发出难闻的气味，甚至有些化肥会吸湿，因此在运输过程中要防止箱体渗水导致货物污染。在装载化肥之前，要检查箱壁是否有渗水以及严重的破洞、开裂、鼓包、内陷、焊缝等情况。

保证运输时间：化肥一般是季节性货物，船期和运输时间一定要快，应选择直达船以减少运输时间。

优先套箱装货：如果柜量大，应优先套箱装货，以节省时间和成本。

确认装卸时间：由于化肥厂大都容易需要排队，容易压车，需要提前沟通好合适的装货卸货时间。

避免高温运输：化肥中的碳酸氢氨在高温下会加速分解，因此在运输这类化肥的时候，要注意避免中午的高温太阳直射，尽量选择早上6点或者傍晚进行装卸货。同时，碳酸氢氨有吸湿性，潮解后分解会加快，所以建议选择集装箱海运，并严格按照标准操作，避免运输过程中有水气进入集装箱。

做好开柜通风准备：化肥通常味道很大，到厂后得做好提前开柜通风准备。

确认运输保险：由于化肥货值较高，建议为客户代为购买门到门的海运综合险，规避大风险。

确认货物数量：在装货过程中，一定要有专门的人员记录数量，柜号以及铅封号，以避免数量短缺。

以上是进行化肥集装箱海运时需要注意的几点问题，确保安全、有效的运输。